实验室笔记 / Rove
小更新。
大反转。
新招式，少故障，偶尔还有“以前没有它是怎么活过来的？”的时刻。来看看 Rove 最近的动态。
4 个版本21 项改进与修复一直在折腾，从未停下
CORTEX LABS实验手记
最新一章
v0.1.32026年11月5日Rove
故事目前共有 4 章。
更多数据，更清晰的选择。
7 个让人兴奋的亮点
更多数据，更清晰的选择。
- 支持打开更多含状态标签的 NEXUS 文件，并在运行前检查标签、恒定性状与不确定性。明确选择相应选项后，可用完整的状态标签定义性状字母表。推断仍不支持真正的多态性。
- 使用 JC69 分析 FASTA 或 NEXUS 中已比对的 DNA，或将一个形态矩阵与一个 DNA 比对组合分析。检查分类单元的对应关系，并选择固定或估计形态与 DNA 的速率比。组合模型共享树、时钟和 gamma 形状参数；尚不支持 HKY 和 GTR。
- 查看定根施加的划分与时钟 sigma 先验曲线。Yule 现可作为同时采样物种的纯出生先验，出生率上界可配置。Birth–death 仍为默认模型，化石定年继续使用 FBD。
- 在历史记录中一起检查采样、链间一致性、树与预测证据。成对的后验预测图帮助检查差异。导出带清单的相关文件，并选择是否包含原始矩阵。
- 未定年的松弛时钟分析可选择拓扑与速率联合提议，默认权重为零。这仅覆盖部分 ORC 功能；BEAST 的完整算子集和比较性能验证仍待完成。
- 可通过 Help → A thank-you to Thiago 重新打开原始感谢信，也可以再次查看使用引导和版本新功能。
- 请保留旧版应用，以恢复由旧引擎创建的检查点。已完成的结果仍保留在历史记录中。0.1.2 可接收签名更新；0.1.1 用户需要先手动安装一次 DMG。
多一点探索的空间。
5 个让人兴奋的亮点
多一点探索的空间。
- 选择更多中间采样预设，或自定义步数和保存间隔。最多运行 16 条独立链，并在分析确认页面查看所有设置。
- 在应用中设置比较的 burn-in、运行选项以及松弛时钟 sigma 的先验。剩余时间估计依据引擎最近的运行进度，不代表收敛时间。
- 打开外部轨迹文件，导入已完成的 CLI 运行并核对矩阵，或直接从 Review 估计模型证据。轨迹诊断的 burn-in 也可以按样本数设置。
- 从 Rove 菜单或 Settings 检查已签名的更新。安装会等待计算结束，再由你确认重新启动应用。
- 从 0.1.1 升级时，需要手动安装一次 DMG 才能添加更新功能。若要恢复旧引擎创建的检查点，请保留旧版应用；已完成的结果仍可在 History 中查看。
来自任何地方的树。
3 个让人兴奋的亮点
来自任何地方的树。
- 从欢迎界面、侧栏、File → Summarize Tree File… 或矩阵导入打开 BEAST 2 或其他程序写出的 NEXUS 树样本；矩阵导入会识别它，而不是报错。汇总保存在以文件命名的文件夹中，记录其路径和 SHA-256，History 将其列为树文件并附带查看器。
- 汇总面板适配窗口：没有被截断的文字，汇总卡片完整显示，文件名列在顶部，底部按钮始终可及。
- 引擎的 rove summarize 可读取 BEAST 2 写出的树文件，这类文件带有长度为零的根枝和根上的速率；根上的速率会被丢弃。
你的第一页野外笔记。
6 个让人兴奋的亮点
你的第一页野外笔记。
- 原生应用的第一个经公证的测试版，面向 macOS 14 或更高版本的 Apple 芯片 Mac。打开磁盘镜像，把 Rove 拖到“应用程序”，然后启动；凭邀请使用。
- 导入 NEXUS 矩阵，选择外群和单系约束，用内置引擎运行：严格或松弛时钟，Mk、Mkv 或 Mkparsinf，固定或估计的 FBD 过程下的化石定年，以及一条、两条或四条链，可按诊断阈值停止、暂停和恢复。
- 高级采样选项已进入应用：仅先验、停止阈值、检查点间隔、提议权重和初始步长（两个已评估的方案作为预设），以及关闭步长调节。
- 把后验树汇总为带注释的 MCC 树并浏览它；阅读带 ESS、R-hat 和支系频率的 trace 诊断。
- 比较链组中的链或 History 中的独立运行，运行后验预测检验，并估计边际似然，得到同一矩阵不同运行之间的对数贝叶斯因子。显示的每个数字都来自引擎本身；应用只做两个估计的相减和误差合并。
- History 保留每次运行及其设置、记录和派生文件。英语和巴西葡萄牙语。
这个剧情反转，还是个谜。
试试版本号，或者换个关键词。
你已经翻到故事的开头了。
精彩的部分，我们还在写。回到最新版本 ↑