O CADERNO DO LABORATÓRIO / Rove
Pequenas atualizações.
Grandes reviravoltas.
Novos truques. Menos tropeços. Aquele eventual “como a gente vivia sem isso?” Veja o que está rolando com Rove.
4 versões21 melhorias e correçõesSEMPRE MEXENDO EM ALGUMA COISA.
CORTEX LABSNOTAS DE CAMPO
ÚLTIMO CAPÍTULO
v0.1.35 de novembro de 2026Rove
4 capítulos na história até agora.
Mais dados, escolhas mais claras.
7 motivos para se empolgar
Mais dados, escolhas mais claras.
- Abra mais arquivos NEXUS com rótulos de estados e confira rótulos, caracteres constantes e incertezas antes de executar. Os rótulos completos podem definir o alfabeto dos caracteres quando você escolhe essa opção. O polimorfismo verdadeiro ainda não é aceito na inferência.
- Analise DNA alinhado em FASTA ou NEXUS com JC69, ou combine uma matriz morfológica com um alinhamento de DNA. Confira a correspondência dos táxons e escolha uma razão de taxas fixa ou estimada entre morfologia e DNA. O modelo combinado compartilha árvore, relógio e forma gamma; HKY e GTR ainda não estão disponíveis.
- Confira a divisão imposta pelo enraizamento e as curvas do prior de sigma do relógio. Yule agora é uma opção de nascimento puro para espécies contemporâneas, com limite configurável para a taxa de nascimento. Birth–death continua como padrão, e a datação de fósseis mantém FBD.
- Confira amostragem, concordância, árvores e evidências preditivas juntas no Histórico. Os gráficos pareados da verificação preditiva posterior ajudam a investigar diferenças. Exporte os arquivos com um manifesto e escolha se deseja incluir a matriz original.
- Uma proposta conjunta de topologia e taxas está disponível para relógio relaxado sem datação, com peso zero por padrão. O suporte a ORC é parcial; a coleção completa de operadores do BEAST e a validação comparativa de desempenho continuam pendentes.
- Reabra a carta original pelo menu Ajuda → Agradecimento ao Thiago, assim como você pode rever o tour e as Novidades.
- Guarde a versão anterior do app para retomar checkpoints criados pelo motor dela. Resultados concluídos continuam no Histórico. A 0.1.2 pode receber a atualização assinada; quem está na 0.1.1 precisa instalar o DMG manualmente uma vez.
Mais espaço para explorar.
5 motivos para se empolgar
Mais espaço para explorar.
- Escolha opções intermediárias de amostragem ou defina a quantidade de passos e o intervalo de salvamento. Rode até 16 cadeias independentes e confira todas as escolhas na revisão da análise.
- Configure o burn-in da comparação, as opções de execução e o prior do sigma do relógio relaxado no app. A previsão de tempo restante acompanha o progresso recente do motor; ela não prevê convergência.
- Abra traços externos, importe execuções concluídas pela CLI com conferência da matriz e estime a evidência do modelo direto na revisão. Os diagnósticos de traço também aceitam burn-in em número de amostras.
- Busque atualizações assinadas pelo menu do Rove ou pelas Configurações. A instalação espera os cálculos terminarem e, depois, sua confirmação para reabrir o app.
- Quem está na 0.1.1 precisa instalar o DMG manualmente uma vez para receber o atualizador. Guarde a versão anterior para retomar checkpoints criados pelo motor dela; resultados concluídos continuam disponíveis no Histórico.
Árvores de qualquer lugar.
3 motivos para se empolgar
Árvores de qualquer lugar.
- Abra uma amostra de árvores NEXUS do BEAST 2 ou de outro programa pela tela inicial, pela barra lateral, por Arquivo → Resumir arquivo de árvores… ou pela importação de matriz, que a reconhece em vez de dar erro. Os resumos ficam em uma pasta com o nome do arquivo, com caminho e SHA-256 registrados, e o Histórico o lista como arquivo de árvores, com o explorador.
- O painel de resumo cabe na janela: sem texto cortado, cartões de resumo inteiros, o arquivo nomeado no topo e um rodapé sempre ao alcance.
- O rove summarize do motor lê arquivos de árvores gravados pelo BEAST 2, que trazem um ramo de raiz de comprimento zero e uma taxa na raiz; a taxa da raiz é descartada.
Suas primeiras anotações de campo.
6 motivos para se empolgar
Suas primeiras anotações de campo.
- Primeiro beta notarizado do app nativo, para Macs com Apple silicon no macOS 14 ou mais recente. Abra a imagem de disco, arraste o Rove para Aplicativos e inicie; o acesso é por convite.
- Importe uma matriz NEXUS, escolha um grupo externo e restrições de monofilia, e rode o motor embutido com relógio estrito ou relaxado, Mk, Mkv ou Mkparsinf, datação de fósseis com processo FBD fixo ou estimado, e uma, duas ou quatro cadeias que podem parar em limiares de diagnóstico, pausar e retomar.
- As opções avançadas de amostragem estão no app: só os priors, limiares de parada, intervalo de checkpoint, pesos de proposta e tamanhos de passo iniciais com os dois esquemas avaliados como predefinições, e ajuste de passo desligado.
- Resuma as árvores da posterior em uma árvore MCC anotada e explore-a; leia os diagnósticos do trace com ESS, R-hat e frequências de clados.
- Compare as cadeias de um grupo ou execuções independentes do Histórico, rode verificações preditivas posteriores e estime verossimilhanças marginais com log dos fatores de Bayes entre execuções da mesma matriz. Cada número mostrado é do próprio motor; o app só subtrai duas estimativas e combina seus erros.
- O Histórico guarda cada execução com sua configuração, registro e arquivos derivados. Inglês e português brasileiro.
Essa reviravolta continua um mistério.
Tente um número de versão ou outra palavra-chave.
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