从矩阵到树,在你的 Mac 上
导入 NEXUS 矩阵,查看状态分区,选择外群和单系约束,用内置引擎运行并实时查看进度。可暂停、恢复,并在 History 中找回每一次运行。
探索每一根枝条的那位
用 Rust 编写、优先面向 ARM 的系统发育推断,放进一个原生 Mac 应用。导入形态学矩阵,运行采样器,汇总树并阅读诊断。测试版,凭邀请使用。
用 Rust 做系统发育,标量参考实现始终在场。
那个似然值我和参考实现对过了。两遍。
01 / 不只是个好看的图标
6 种方式,让你的日子更轻松。
是的,我们有点上头了。
导入 NEXUS 矩阵,查看状态分区,选择外群和单系约束,用内置引擎运行并实时查看进度。可暂停、恢复,并在 History 中找回每一次运行。
严格或对数正态松弛时钟,Mk、Mkv 或 Mkparsinf 条件化,有序性状,观测或声明的字母表,以及固定或估计的化石化出生死亡过程下的化石定年。
每个 trace 统计量的 ESS 和 R-hat,链之间的支系频率,链之间以及独立运行之间的比较,以及按你设定的阈值停止。运行结束不等于收敛,应用会这样告诉你。
来吧,点开一个。
后验预测检验从后验模拟矩阵,并在同一棵采样树上与你的矩阵对比打分。阶石法和路径采样的边际似然给出同一矩阵不同运行之间的对数贝叶斯因子。
偏似然按模式优先布局,为 Apple 芯片提供 NEON 路径,Mk 以闭式剪枝,一个朴素的递归实现保留在 crate 中作为参考,每次改动都拿它来对比核心实现。
在构造的 20 个分类单元案例上,后验汇总和支系频率与 BEAST 2.7.8 一致,标准在运行之前写定。更大的矩阵尚未达到收敛标准,报告会说明是哪些。
近距离看看 Rove 是怎么运转的。
Rove 是一个用 Rust 编写的系统发育推断引擎,优先面向 ARM CPU,也优先面向形态学家手头真正拥有的数据:由二态和三态性状组成的短矩阵。Mac 应用把它包起来。导入 NEXUS 矩阵,选择外群和单系约束,用严格或松弛时钟与 Mk、Mkv 或 Mkparsinf 运行最多 16 条独立链;有年龄数据时,可在化石化出生死亡过程下为化石定年。暂停与恢复,把后验树汇总为带注释的 MCC 树,阅读 trace 诊断,比较链与运行,检验模型能否重现你的矩阵,并按边际似然比较模型。屏幕上的每个数字都来自引擎,只有两个边际似然估计之间的差值及其合并误差例外。似然在每次改动时都与一个朴素的参考实现对比,后验汇总在构造案例上与 BEAST 2.7.8 一致,标准在运行之前写定,种子和报告均已公开。这是测试版:凭邀请使用,一次完成的运行记录的是已完成的步数而不是收敛的证据,Rove 说清今天有什么、没有什么。代码以 MIT 或 Apache-2.0 许可开源。
02 / 是时候确定关系了
几个实用的小细节。
没有尴尬的初次约会问题。
合拍度测试
面向 macOS · Apple 芯片。
一上手,就像在家一样。

你的下一个心头好,就在这里
Rove 是一个处于测试版的原生 Mac 应用,围绕一个把自己的校验亮出来的引擎。代码和文档都在 rove.getcortexlabs.com 公开。