LA LIBRETA DEL LABORATORIO / Rove
Pequeñas actualizaciones.
Grandes giros de guion.
Trucos nuevos. Menos tropiezos. Algún que otro “¿cómo vivíamos sin esto?”. Esto es lo que está pasando con Rove.
4 versiones21 mejoras y arreglosSEGUIMOS AJUSTANDO. SIEMPRE.
CORTEX LABSNOTAS DE CAMPO
ÚLTIMO CAPÍTULO
v0.1.35 de noviembre de 2026Rove
4 capítulos en la historia hasta ahora.
Más datos, decisiones más claras.
7 novedades para emocionarse
Más datos, decisiones más claras.
- Abre más archivos NEXUS con etiquetas de estados y revisa etiquetas, caracteres constantes e incertidumbre antes de ejecutar. Las etiquetas completas pueden definir el alfabeto de los caracteres cuando eliges esa opción. El polimorfismo verdadero aún no se admite en la inferencia.
- Analiza ADN alineado en FASTA o NEXUS con JC69, o combina una matriz morfológica con un alineamiento de ADN. Revisa la correspondencia de taxones y elige una razón de tasas fija o estimada entre morfología y ADN. El modelo combinado comparte árbol, reloj y forma gamma; HKY y GTR aún no están disponibles.
- Examina la división impuesta por el enraizamiento y las curvas del prior de sigma del reloj. Yule es ahora una opción de nacimiento puro para especies contemporáneas, con un límite configurable para la tasa de nacimiento. Birth–death sigue siendo el predeterminado y la datación de fósiles mantiene FBD.
- Revisa muestreo, concordancia, árboles y evidencia predictiva juntos en el Historial. Los gráficos pareados de la comprobación predictiva posterior ayudan a examinar discrepancias. Exporta los archivos con un manifiesto y elige si incluyes la matriz original.
- Hay una propuesta conjunta de topología y tasas para análisis con reloj relajado sin datación, con peso cero por defecto. La cobertura de ORC es parcial; la colección completa de operadores de BEAST y la validación comparativa del rendimiento siguen pendientes.
- Vuelve a abrir la carta original desde Help → A thank-you to Thiago, igual que puedes volver a ver el recorrido y las novedades.
- Conserva la versión anterior de la app para reanudar checkpoints creados por su motor. Los resultados terminados siguen en el Historial. La versión 0.1.2 puede recibir la actualización firmada; la 0.1.1 requiere instalar el DMG manualmente una vez.
Un poco más de espacio para explorar.
5 novedades para emocionarse
Un poco más de espacio para explorar.
- Elige opciones intermedias de muestreo o define el número de pasos y el intervalo de guardado. Ejecuta hasta 16 cadenas independientes y revisa cada elección junto con el análisis.
- Configura el burn-in de la comparación, las opciones de ejecución y el prior de sigma del reloj relajado en la app. La estimación del tiempo restante sigue el progreso reciente del motor; no predice la convergencia.
- Abre trazas externas, importa ejecuciones completadas por la CLI con verificación de la matriz y estima la evidencia del modelo directamente desde Review. Los diagnósticos también aceptan burn-in como número de muestras.
- Busca actualizaciones firmadas desde el menú de Rove o Settings. La instalación espera a que terminen los cálculos y, después, tu confirmación para reiniciar la app.
- Para actualizar desde 0.1.1, instala el DMG manualmente una vez para añadir el actualizador. Conserva la app anterior para reanudar checkpoints creados por su motor; los resultados completados siguen disponibles en History.
Árboles de cualquier parte.
3 novedades para emocionarse
Árboles de cualquier parte.
- Abre una muestra de árboles NEXUS de BEAST 2 u otro programa desde la pantalla inicial, la barra lateral, File → Summarize Tree File… o la importación de la matriz, que la reconoce en lugar de dar un error. Los resúmenes viven en una carpeta con el nombre del archivo, con su ruta y SHA-256 registrados, y History la lista como archivo de árboles con el explorador.
- El panel de resumen cabe en la ventana: sin texto truncado, tarjetas de resumen completas, el archivo nombrado arriba y un pie siempre al alcance.
- El rove summarize del motor lee archivos de árboles escritos por BEAST 2, que traen una rama raíz de longitud cero y una tasa en la raíz; la tasa de la raíz se descarta.
Tus primeras notas de campo.
6 novedades para emocionarse
Tus primeras notas de campo.
- Primera beta notarizada de la app nativa, para Macs con Apple silicon en macOS 14 o posterior. Abre la imagen de disco, arrastra Rove a Aplicaciones y ábrelo; el acceso es por invitación.
- Importa una matriz NEXUS, elige un grupo externo y restricciones de monofilia, y ejecuta el motor incluido con reloj estricto o relajado, Mk, Mkv o Mkparsinf, datación de fósiles con un proceso FBD fijo o estimado, y una, dos o cuatro cadenas que pueden detenerse en umbrales de diagnóstico, pausarse y reanudarse.
- Las opciones avanzadas de muestreo están en la app: solo los priors, umbrales de parada, intervalo de checkpoints, pesos de propuesta y tamaños de paso iniciales con los dos esquemas evaluados como preajustes, y ajuste de paso desactivado.
- Resume los árboles de la posterior en un árbol MCC anotado y explóralo; lee los diagnósticos del trace con ESS, R-hat y frecuencias de clados.
- Compara las cadenas de un grupo o ejecuciones independientes desde History, ejecuta comprobaciones predictivas posteriores y estima verosimilitudes marginales con log de factores de Bayes entre ejecuciones de la misma matriz. Cada número mostrado es del propio motor; la app solo resta dos estimaciones y combina sus errores.
- History conserva cada ejecución con su configuración, registro y archivos derivados. Inglés y portugués brasileño.
Ese giro de guion sigue siendo un misterio.
Prueba con un número de versión o con otra palabra clave.
Llegaste al principio de la historia.
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