AQUELE QUE EXPLORA CADA RAMO
RoveBETAInferência filogenética em Rust, pensada primeiro para ARM, dentro de um app nativo para Mac. Importe uma matriz morfológica, rode o amostrador, resuma as árvores e leia os diagnósticos. Em beta, por convite.
Filogenética em Rust, com a referência escalar sempre na sala.
comparei essa verossimilhança com a referência. duas vezes.
01 / MAIS QUE UM ÍCONE BONITO
6 jeitos de deixar seu dia mais fácil.
Sim, a gente se empolgou um pouco.
Importe uma matriz NEXUS, revise as partições de estados, escolha um grupo externo e restrições de monofilia, e rode o motor embutido com progresso ao vivo. Pause, retome e reencontre cada execução no Histórico.
Relógio estrito ou relaxado lognormal, condicionamento Mk, Mkv ou Mkparsinf, caracteres ordenados, alfabetos observados ou declarados, e datação de fósseis com processo de nascimento e morte fossilizado fixo ou estimado.
ESS e R-hat para cada estatística do trace, frequências de clados entre as cadeias, comparações entre cadeias e entre execuções independentes, e parada nos limiares que você definir. Uma execução terminada não é uma execução convergida, e o app diz isso.
Vai lá. Abre um.
Verificações preditivas posteriores simulam matrizes a partir da posterior e as pontuam contra a sua na mesma árvore amostrada. Verossimilhanças marginais por stepping stone e path sampling dão log dos fatores de Bayes entre execuções da mesma matriz.
Os parciais ficam organizados por padrão, com um caminho NEON para Apple silicon, o Mk é podado em forma fechada, e uma implementação recursiva simples continua no crate como a referência contra a qual o núcleo é comparado a cada mudança.
Resumos da posterior e frequências de clados concordam com o BEAST 2.7.8 em casos construídos com 20 táxons, sob critérios escritos antes das execuções. Matrizes maiores ainda não atingiram os critérios de convergência, e os relatórios dizem quais.
Um olhar mais de perto sobre o que faz Rove funcionar.
O Rove é um motor de inferência filogenética escrito em Rust, projetado primeiro para CPUs ARM e para os dados que os morfologistas realmente têm: matrizes curtas de caracteres binários e ternários. O app para Mac o envolve. Importe uma matriz NEXUS, escolha um grupo externo e restrições de monofilia, e rode até 16 cadeias independentes com relógio estrito ou relaxado e Mk, Mkv ou Mkparsinf, com datação de fósseis sob o processo de nascimento e morte fossilizado quando houver idades. Pause e retome, resuma as árvores da posterior em uma árvore MCC anotada, leia os diagnósticos do trace, compare cadeias e execuções, verifique se o modelo reproduz a sua matriz e compare modelos pela verossimilhança marginal. Cada número na tela vem do motor, exceto a diferença entre duas estimativas de verossimilhança marginal e seu erro combinado. As verossimilhanças são conferidas contra uma referência simples a cada mudança, e os resumos da posterior concordam com o BEAST 2.7.8 em casos construídos, sob critérios escritos antes das execuções, com sementes e relatórios publicados. É um beta: o acesso é por convite, uma execução concluída registra passos terminados e não evidência de convergência, e o Rove diz o que existe hoje e o que não existe. O código é aberto sob MIT ou Apache-2.0.
02 / VAMOS OFICIALIZAR
Alguns detalhes práticos.
Sem perguntas constrangedoras de primeiro encontro.
O TESTE DE COMPATIBILIDADE
Para macOS · Apple silicon.
Feito para você se sentir em casa.
SUA PRÓXIMA FERRAMENTA FAVORITA ESTÁ BEM AQUI.
O Rove é um app nativo para Mac em beta, em volta de um motor que mostra as próprias conferências. O código e a documentação estão abertos em rove.getcortexlabs.com.
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