EL QUE EXPLORA CADA RAMA
RoveBETAInferencia filogenética en Rust, pensada primero para ARM, dentro de una app nativa para Mac. Importa una matriz morfológica, ejecuta el muestreador, resume los árboles y lee los diagnósticos. En beta, por invitación.
Filogenética en Rust, con la referencia escalar siempre en la sala.
comparé esa verosimilitud con la referencia. dos veces.
01 / MÁS QUE UN ICONO BONITO
6 formas de hacerte el día más fácil.
Sí, nos emocionamos un poco.
Importa una matriz NEXUS, revisa sus particiones de estados, elige un grupo externo y restricciones de monofilia, y ejecuta el motor incluido con progreso en vivo. Pausa, reanuda y vuelve a encontrar cada ejecución en History.
Reloj estricto o relajado lognormal, condicionamiento Mk, Mkv o Mkparsinf, caracteres ordenados, alfabetos observados o declarados, y datación de fósiles con un proceso de nacimiento y muerte fosilizado fijo o estimado.
ESS y R-hat para cada estadístico del trace, frecuencias de clados entre cadenas, comparaciones entre cadenas y entre ejecuciones independientes, y parada en los umbrales que tú fijes. Una ejecución terminada no es una ejecución convergida, y la app lo dice.
Vamos. Abre uno.
Las comprobaciones predictivas posteriores simulan matrices a partir de la posterior y las puntúan contra la tuya en el mismo árbol muestreado. Las verosimilitudes marginales por stepping stone y path sampling dan log de factores de Bayes entre ejecuciones de la misma matriz.
Los parciales se organizan por patrón, con una ruta NEON para Apple silicon, Mk se poda en forma cerrada, y una implementación recursiva sencilla sigue en el crate como la referencia contra la que se compara el núcleo en cada cambio.
Los resúmenes de la posterior y las frecuencias de clados coinciden con BEAST 2.7.8 en casos construidos de 20 taxones, bajo criterios escritos antes de las ejecuciones. Las matrices mayores aún no cumplen los criterios de convergencia, y los informes dicen cuáles.
Un vistazo de cerca a lo que hace funcionar a Rove.
Rove es un motor de inferencia filogenética escrito en Rust, diseñado primero para CPU ARM y para los datos que los morfólogos tienen de verdad: matrices cortas de caracteres binarios y ternarios. La app para Mac lo envuelve. Importa una matriz NEXUS, elige un grupo externo y restricciones de monofilia, y ejecuta hasta 16 cadenas independientes con reloj estricto o relajado y Mk, Mkv o Mkparsinf, con datación de fósiles bajo el proceso de nacimiento y muerte fosilizado cuando hay edades. Pausa y reanuda, resume los árboles de la posterior en un árbol MCC anotado, lee los diagnósticos del trace, compara cadenas y ejecuciones, comprueba si el modelo reproduce tu matriz y compara modelos por verosimilitud marginal. Cada número en pantalla viene del motor, salvo la diferencia entre dos estimaciones de verosimilitud marginal y su error combinado. Las verosimilitudes se verifican contra una referencia sencilla en cada cambio, y los resúmenes de la posterior coinciden con BEAST 2.7.8 en casos construidos, bajo criterios escritos antes de las ejecuciones, con semillas e informes publicados. Es una beta: el acceso es por invitación, una ejecución completada registra pasos terminados y no evidencia de convergencia, y Rove dice lo que existe hoy y lo que no. El código es abierto bajo MIT o Apache-2.0.
02 / HAGÁMOSLO OFICIAL
Algunos detalles prácticos.
Sin preguntas incómodas de primera cita.
LA PRUEBA DE COMPATIBILIDAD
Para macOS · Apple silicon.
Hecho para sentirse como en casa.
TU PRÓXIMA HERRAMIENTA FAVORITA ESTÁ JUSTO AQUÍ.
Rove es una app nativa para Mac en beta, alrededor de un motor que muestra sus propias comprobaciones. El código y la documentación están abiertos en rove.getcortexlabs.com.
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